La costruzione del tempio, cominciata verso il 1342, fu interrotta dopo qualche anno e ripresa solamente alla fine degli anni sessanta del XIV secolo; allora fu cambiata anche l'idea riguardante l'aspetto del tempio: la costruzione a tre navate della stessa altezza fu sostituita con la basilica. La leggenda dice che il re Casimiro il Grande trovò per miracolo l'ostia e l'ostensorio rubate dalla Collegiata di Ognissanti, il che lo convinse a costruire la chiesa. La costruzione finì nel 1405 e nello stesso anno, grazie al re Ladislao di Polonia, arrivarono a Cracovia i Canonici Regolari Lateranensi da Kłodzk.

L'interno del tempio merita l'attenzione grazie all'accostamento della rigida architettura gotica con lo sfarzo barocco delle sculture. Nella navata centrale si trova anche il meraviglioso pulpito tardogotico, a forma della barca galleggiante sull'acqua, retta da due sirene e delfini. Nell'iride, che divide la navata centrale dal presbiterio, è collocata la statua del Gesù sulla croce, del XVIII secolo, con le statue della Vergine Maria, di San Giovanni e di Maria Magdalena.

Il 24 gennaio 2005 il papa Giovanni Paolo II conferì alla chiesa il titolo di Basilica Minore.