Originariamente la chiesa fu una costruzione in legno eretta nel 1453 e fondata dal cardinale Zbigniew Oleśnicki per il convento dei bernardini. La chiesa attuale in stile barocco risale agli anni 1659-76 e fu costruita secondo il progetto del architetto Krzysztof Mieroszewski. La chiesa di San Bernardino è la basilica a tre navate con il transetto e la cupola nascosta nel tetto del tempio.

Nella chiesa si trovano i quadri di Franciszek Lekszycki, frate bernardino, dipinti negli anni 1659-64: "Ultima Cena" oppure una monumentale "Crocifissione di Gesù".

Nel periodo pasquale nel Sepolcro di Gesù lo sfondo per l'ostensorio è "Golgota", quadro di Tadeusz Popiel dipinto nel 1911 e portato a Cracovia dopo la seconda guerra mondiale, dalla chiesa dei bernardini di Leopoli.

Nel lato settentrionale del presbiterio è situata la cappella di Beato Simone da Lipnica, con l'altare, mausoleo in muratura nel quale si trovano le reliquie del beato. I quadri e la vetrata di Józef Mehoffer raffigurano le scene della sua vita.